Dans ce second volet de la trilogie Matrix, les rebelles Neo (Keanu Reeves), Trinity (Carrie-Anne Moss) et Morpheus (Laurence Fishburn) poursuivent leur combat contre la suprématie de la machine, opposant leurs extraordinaires talents aux forces de l'exploitation et de la répression. Dans leur quête pour prévenir l'extinction de la race humaine, ils gagnent une meilleure compréhension de la Matrice et du rôle clé de Néo dans la destinée de l'humanité.
Suite directe de l'épisode précédent, où l'on voit la guerre contre les machines au c?ur même de Zion, ainsi que le combat final entre Néo et l'Agent Smith. Épisode somptueux de par ses effets spéciaux à la pointe de la technologie pour clore une trilogie mythique. Les effets de couleurs dominante (vert « Matrix » initial, mais aussi bleu-violet dans des scènes d'action) y sont largement exploités artistiquement.
Au 22e siècle, les ordinateurs gouvernent la Terre et utilisent les humains comme source d'énergie. Pour ne pas que les humains se rendent compte, les ordinateurs leurs simulent une vie virtuelle qui leurs laisse croire qu'ils vivent au 20e siècle. Un homme (Keanu Reeves) se rendre compte que sa vie n'est en fait qu'un mirage. Aidé de Morpheous, le chef d'un groupe de pirates d'informatique, il mène une révolte contre les ordinateurs dans l'espoir de retrouver la liberté.